Montpellier Advanced Knowledge Institute on Transitions

Génomique évolutive et analyse des données microbiennes

Publié le dans Actualités, Séminaire
Mardi 17 mai : Mini-symposium sur la génomique évolutive microbienne

En raison de la prolifération des nouvelles technologies de génération de données, la biologie microbienne est devenue une science axée sur les données. Pourtant, la collaboration entre les chercheurs qui étudient les questions biologiques et leurs collègues informaticiens est encore limitée. L’objectif de ce mini-symposium est de réunir des représentants des deux spécialités et de découvrir les moyens par lesquels ils peuvent être plus conscients des défis et des priorités des uns et des autres. La combinaison unique d’intervenants couvrira les domaines suivants :

  • Analyse des communautés microbiennes
  • Évolution expérimentale
  • Reconstruction phylogénétique
  • Analyse de la recombinaison
  • Analyse de la sélection
  • Logistique des données et automatisation des analyses

Programme et intervenants

09:00 – 09:10Mot de bienvenue et introduction

09:10 – 09:45‘Dynamique et évolution des communautés microbiennes’–Ellie Harrison, Université de Sheffield, Royaume-Uni

09:45 – 10:05‘Analyse des communautésmicrobiennes’–Lois Maignien, Université de Bretagne Occidentale, France

10:05 – 11:00‘Environnement analytique global’–Saskia Hiltemann, Erasmus MC, Pays-Bas

10:25 – 10:30 Pause café

11:00- 11:20‘Dynamique évolutive de la résistance aux antiobiotiques’–Stéphanie Bedhomme, CNRS/ Centre d’écologie fonctionnelle et évolutive (CEFE), France

11:20 – 11:40 ‘Biais de codon et résistance antibiotique’–Martijn Callens, Université de Gand, Belgique

11:40 – 12:00‘Evolution expérimentale’–Mike Finnegan, CNRS/ Centre d’écologie fonctionnelle et évolutive (CEFE), France

12:00 – 12:20‘Dynamique coévolutionnaire entre les phages etl’immunité CRISPR’ –Sylvain Gandon, CNRS/ Centre d’écologie fonctionnelle et évolutive (CEFE), France

12:20- 14:00 Pause déjeuner

14:00 – 14:20‘Evolution moléculaire et analyse de la sélection’–Sergei Kosakovsky Pond, Université de Temple, Etats-Unis

14:20 – 14:40‘Biologie synthétique’– Guillaume Cambray, CNRS/Centre de Biologie Structurale (CBS), France

14:40 – 15:00‘Analyse à grande échelle des données sur les pandémies’–Wolfgang Maier, Université de Freiburg, Allemagne

15:00 – 15:20‘Analyse et représentation des données’–  Maximilan Haeussler, Université de Californie Santa Cruz, Etats-Unis

15:20 – 15:40‘Cadres d’analyse de données pour la génomique microbienne’–Anton Nekrutenko, Université d’État de Pennsylvanie, États-Unis & Chercheur invité MAK’IT (JRU CEFE)

15:40 – 15:50Clôture

15:50 – 16:30 Pause café

Mercredi 18 mai : Atelier sur l’analyse des données microbiennes

L’atelier portera sur l’application des données de séquençage (Illumina, Oxford Nanopore, PacBio) à l’analyse des communautés microbiennes, à l’assemblage du génome, à l’analyse de la variation et à l’identification des sites en cours de sélection.

9h00 – 12h00 – Partie 1

12h00 – 13h30 – Pause déjeuner

13h30 – 16h00 – Partie 2

L’atelier sera présentée par :