Génomique évolutive microbienne et analyse des données
Mardi 17 mai: Mini-symposium sur la génomique évolutive microbienne
En raison de la prolifération de nouvelles technologies de génération de données, la biologie microbienne est devenue une science axée sur les données. Pourtant, il existe encore un «mélange» limité entre les chercheurs qui étudient les questions biologiques et leurs collègues computationnels. L’objectif de ce mini-symposium est de réunir des représentants des deux parties («humides» et «secs») et de découvrir comment ils peuvent être plus conscients des défis et des priorités de l’autre. La combinaison unique d'orateurs couvrira les domaines suivants:
- Analyse des communautés microbiennes
- Évolution expérimentale
- Reconstruction phylogénétique
- Analyse de la recombinaison
- Analyse de la sélection
- Logistique des données et automatisation de l'analyse
Programme et intervenants
9 heures – 9 h 10Accueil et introduction
9 h 10 – 9 h 45«Dynamique et évolution des microbescommunautés»–Ellie Harrison, Université de Sheffield, Royaume-Uni
de 9 h 45 à 10 h 5 «Analyse des communautés microbiennes»–Lois MaignienUniversité de Bretagne occidentale, France
10 h 5 – 11 heures«Un environnement analytique mondial pour moi»–Saskia Hiltemann, Erasmus MC, Pays-Bas
10 h 25 – 10 h 30 Pause-café
11 heures – 11 h 20« Dynamique évolutive de la résistance aux antibiotiques »–Stéphanie Bedhomme, CNRS/Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive (CEFE), France
de 11 h 20 à 11 h 40«Participation au codon et résistance aux antibiotiques»–Martijn Callens, Université de Gand, Belgique
11 h 40 – 12 heures«Évolution expérimentale»–Mike Finnegan, CNRS/Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive (CEFE), France
de 12 heures à 12 h 20« Dynamique coévolutive entre les phages et l’immunité CRISPR »–Sylvain Gandon, CNRS/Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive (CEFE), France
12 h 20 – 14 h 00 Pause-déjeuner
14 heures – 14 h 20«Analyse de l’évolution moléculaire et de la sélection»–étang Sergei Kosakovsky, Temple University, États-Unis
14 h 20 – 14 h 40Biologie synthétique–Guillaume Cambray, CNRS/Centre de biologie structurelle (CBS), France
14 h 40 – 15 heures«Analyse à grande échelle des données relatives à la pandémie»–Wolfgang Maier, Université de Fribourg, Allemagne
15 heures – 15 h 20«Analyse et représentation des données»–Maximilan Haeussler, UC Santa Cruz, États-Unis
15 h 20 – 15 h 40«Cadres d’analyse des données pour la génomique microbienne»–Anton Nekrutenko, Pennsylvania State University, États-Unis & MAK’IT Fellow (JRU CEFE)
de 15 h 40 à 15 h 50Observations finales
15:50 -16:30 Pause-café
Mercredi 18 mai: Atelier sur l'analyse des données microbiennes
L'atelier portera sur l'application des données de séquençage (Illumina, Oxford Nanopore, PacBio) à l'analyse de communautés microbiennes, assemblage du génome, analyse de la variation, et identification des sites en cours de sélection.
9:00 – 12:00 – Partie 1
12 h 00 – 13 h 30 – Pause-déjeuner
13 h 30 – 16 heures – 2e partie
Présentateurs:
- Saskia Hiltemann – Erasmus MC, Pays-Bas
- Helena Rasche – Erasmus MC & Avans Hogeschool, Pays-Bas
- Anton Nekrutenko – Pennsylvania State University, États-Unis & MAK’IT Fellow (JRU CEFE)
- Wolfgang Maier – Université de Fribourg, Allemagne